Sezon 3
Odcinek 1
Kryształowe królestwo – część 1
Twilight Sparkle dostaje od Księżniczki Celestii zadanie – ma pomóc Shining Armorowi i Cadance uratować Kryształowe Imperium przed powrotem Króla Sombry. Kucyk wraz ze swoimi przyjaciółmi po przybyciu na miejsce próbują uzyskać jakichkolwiek informacji na temat miejsca i wroga, jednakże okazuje się, że Kryształowe Kucyki po powrocie z wieloletniego zniknięcia całego Imperium nie pamiętają nic. By pomóc im odzyskać pamięć, organizują jarmark związany z takim artefaktem jak Kryształowe Serce, które później okazuje się być prawdziwym przedmiotem, który zaginął wieki temu. Twilight rusza ze Spikiem w poszukiwania, zaś Król Sombra przystępuje do ataku na państwo.
Odcinek 2
Kryształowe królestwo – część 2
Kryształowe Imperium zostaje zaatakowane przez Króla Sombrę. W międzyczasie Twilight Sparkle i Spike poszukują Kryształowego Serca ukrytego gdzieś w pałacu. Po jego odnalezieniu udaje się pokonać przeciwnika, uwolnić mieszkańców i zaprowadzić rządy Księżniczki Cadance i księcia Shining Armora. Twilight tym samym zdaje egzamin i wchodzi na wyższy poziom nauki.
Odcinek 3
Wszędzie Pinkie Pie
Pinkie Pie chce spędzać czas z każdym swoim przyjacielem. Gdy zdaje sobie sprawę z tego, że jest to niemożliwe, przypomina sobie legendę o magicznym jeziorku, które tworzy klona tego, kto wypowie odpowiednie zaklęcie i wejdzie do niego. W efekcie tego Pinkie Pie tworzy masę klonów, które wymykają się spod kontroli i zaczynają siać chaos w Ponyville. Co gorsza, nikt nie potrafi wskazać prawdziwego kucyka. W końcu wszystkie zostają zebrane w jednym miejscu, gdzie dzięki specjalnemu zadaniu udaje się odnaleźć tą prawdziwą, zaś fałszywe klony odesłać z powrotem do jeziorka. Droga do jeziorka zostaje zamknięta.
Odcinek 4
Zgniłe jabłko
Do rodziny Apple w odwiedziny przyjeżdża kuzynka Apple Bloom – Babs Seed z Manehattan, która również ma problem ze znalezieniem swojego uroczego znaczka przez co jest wyśmiewana w swoim otoczeniu. Apple Bloom próbuje ją wciągnąć do Znaczkowej Ligi, ta jednak chcąc uniknąć nowej fali poniżania, tym razem ze strony Diamond Tiary i Silver Spoon, przechodzi na ich stronę i zaczyna prześladować Apple Bloom, Sweetie Belle i Scootaloo. W końcu tamte postanawiają wziąć odwet. Gdy jednak odkryły prawdę na temat Babs Seed, zdały sobie sprawę z tego, co chcą uczynić. Ratują Babs Seed przed ich pułapką. Dochodzi do pogodzenia się kucyków i Babs Seed od teraz nie dość, że jest przeciwko Diamond Tiarze i Silver Spoon, to wraca do Manehattanu z zamiarem założenia tamtejszego oddziału Znaczkowej Ligi.
Odcinek 5
Pojedynek na czary
Do Ponyville powraca Trixie z amuletem, który daje jej ogromną moc. Wyzywa Twilight Sparkle na pojedynek, w którym ta przegrywa. W efekcie tego zostaje wyrzucona z Ponyville, a Trixie zaprowadza własne rządy w mieście. Jednorożec przychodzi po pomoc i trening do Zecory. Po odkryciu prawdy na temat Trixie, ta z pomocą przyjaciółek i sprytnego planu pokonuje Trixie i uwalnia miasto spod jej panowania.
Odcinek 6
Bezsenność w Ponyville
Apple Bloom i Sweetie Belle ze swoimi siostrami oraz Scootaloo i Rainbow Dash wyruszają na biwak. Małej pegazicy bardzo zależy na zaimponowaniu swojej idolce – starszemu pegazowi marząc o tym, by ta ją uczyniła swoją siostrą i uczyła jej bycia taką jak ona. W międzyczasie zaczynają ją dręczyć koszmary, co wywołuje dodatkowo lęk przed ukazaniem słabości przy Rainbow Dash. Z pomocą w śnie przychodzi do niej Księżniczka Luna, która udziela jej rady, by stawiła czoło swoim lękom. Scootaloo w końcu wpada do rwącej rzeki, skąd ratuje ją jej idolka. Wówczas korzysta z rady księżniczki i zwierza się wybawicielce ze swoich lęków. Rainbow Dash okazuje się ją doskonale rozumieć i przyjmuje ją pod swoje skrzydło.
Odcinek 7
Akademia Wonderbolts
Rainbow Dash w końcu może spełnić swoje największe marzenie o dostaniu się do Wonderboltsów – zostaje przyjęta do ich Akademii. Na miejscu zawiązuje przyjaźń z Lightning Dust, z którą powoli zaczyna coraz bardziej konkurować o tytuł najlepszego lotnika.
Odcinek 8
Zjazd rodziny Apple
Applejack postanawia zorganizować zjazd rodziny Apple. Jednakże jej starania, by był to najlepszy zjazd powoduje, że impreza jest przepełniona atrakcjami, zaś nie ma możliwości, by członkowie rodziny na spokojnie ze sobą porozmawiali. Jednak gdy dochodzi do wypadku, w efekcie którego trzeba odbudować stodołę, wszyscy chętnie się biorą do roboty i w końcu zjazd zostaje uznany za najlepszy, jaki dotąd był.
Odcinek 9
Spike do usług
Spike ląduje w lesie, gdzie od śmierci ratuje go Applejack. Od tego momentu według Smoczego Kodeksu Spike ma dług wdzięczności do spłacenia, tak więc od tego momentu pomaga klaczce jak może. Dla niej to jednak jest tylko coraz większym problemem.
Odcinek 10
Tylko spokojnie, Fluttershy
Do Ponyville przybywa Księżniczka Celestia z niecodziennym zadaniem dla głównych bohaterek. Chce ona, by uwolniły Discorda z kamienia i poddały go resocjalizacji. Szczególnie pokłada ona nadzieję w Fluttershy. Pegazica wierzy w to, że zmiana ich wroga jest możliwa, w przeciwieństwie do jej przyjaciółek.
Odcinek 11
Tylko dla pomocników
Podczas gdy kucyki wyjeżdżają do Kryształowego Imperium w celu wykonania nowego zadania, Spike\\\\\\\'owi zostają powierzone do opieki ich zwierzęta. Smok chce zarobić w ten sposób szmaragdy potrzebne do ugotowania wymarzonego tortu. Szybko jednak okazuje się, że opieka nad zwierzętami to nie jest lekkie zajęcie.
Odcinek 12
Kucykowe dyscypliny
Rainbow Dash wraz z przyjaciółkami ma pomóc Kryształowemu Imperium uzyskać możliwość organizacji słynnych zawodów.
Odcinek 13
Sposób na zaklęcie
Twilight Sparkle przypadkowo rzuca na Klejnoty Harmonii niedokończone zaklęcie, które zmienia znaczki swych przyjaciółek. Stara się przywrócić im ich osobowość poprzez pomoc. Po pokonaniu zaklęcia i ukończeniu go okazuje się, że Twilight przeznaczone jest zostać księżniczką Equestrii i właśnie ukończyła ostateczny test. Dochodzi do jej przemienienia w alicorna i koronacji.